Интересно было бы узнать мнение экспертов, как такой богатый маршрут отдали хоть и "своей" но всё же частной конторе, учитывая что в большинстве случаев по Московской области маршруты отдают приоритетом в МТА?

В Вашем вопросе целый набор изначально неправильных утверждений.

Согласно ФЗ-220, никакого отношения к Московской области данный маршрут не имеет, его регулирование относится к полномочиям Минтранса РФ. Открытие маршрутов по федеральному закону подразумевает уведомительный порядок при условии согласования его всеми субъектами РФ, на территории которых есть остановки на маршруте.

При этом начальный остановочный пункт маршрута должен быть включен в специальный реестр соответствующего субъекта РФ, который содержит в себе перечень определенных мест отправления межсубъектных маршрутов. Не знаю как сегодня (лень искать), но 1,5 месяца назад АВ Котельники мог использоваться только как промежуточный пункт отправления таких маршрутов. Маршрут 960 МТА АВ Котельники - Рязань в соответствующем реестре Минтранса РФ появился на днях, как и 125 Коломна - Рязань, а до этого вообще работал без документов после перевода его на АВ Котельники из Выхино.

Славянский экспресс действовал строго по законодательству и все свои рейсы зарегистрировал как положено.

Славянский экспресс кому-то безусловно свой, как и любая другая контора, но неплохо бы пояснить, что имеется ввиду.